웹서버 해킹된 것 같은데, 어찌 해야할까요?

질문을 창피해 하지 마세요. 답변 해주시는 분들을 위해 많은 정보를 입력해 주세요.

지인회사 이야기인데 저도 답변 주다가 막히는 부분이 있어 질문 남겨요.

월 방문자 수가 백만단위인 대형 사이트인데 며칠 전 외부 공격을 받아 사이트 내 콘텐츠가 제대로 보이지 않고 회원들의 로그인에 문제가 생기는 장애가 발생 했습니다. 현재 가까스로 복구하였는데 다시 해커가 들어와 소스코드를 수정하고 구글 애드센스 코드를 심어놓았습니다.

현재는 코드를 수정하고 호스팅 업체에 해결 방안을 문의 하여 연계된 웹방화벽 회사를 통해 조치받아 해결 했으나 조금 전 또 코드가 수정된 흔적을 발견 했네요. 지금은 소스코드를 롤백하여 사이트가 정상작동하지만 완전히 해결 된 것이 아니라서 난감한 상황입니다.

웹서버는 국내 호스팅 서비스를 이용 중이고 웹방화벽 업체 역시 국내 업체 입니다만 호스팅 회사에 연계된 것이라 지인 회사에서 직접적으로 컨택은 어려운 상황입니다. 

제가보기엔 웹 방화벽이 뚫린것 같은데..... 질문 드립니다.

1. 해커가 소스코드를 수정했다면 루트 권한이 탈취된 것 아닌가요?
   사이트 최상위 경로인 sub.head.php에 구글 애드센스 코드를 심었는데 이를 발견하여 퍼미션 값을 수정해서 지금은
   괜찮은 상황입니다만 js 피싱팝업을 설치해 놨습니다. 회원 개인정보 탈취가 목적으로 보이네요.
   루트권한이 탈취됐다면 아예 사이트 운영 자체를 방해했을 것 같은데..... 소심한 해커일까요?

2. 호스팅 회사에서는 지인 회사에서 알아서 소스코드를 수정해서 막아야지 자기들이 할 수 있는건 없다고 하는데, 이게 정상인가요?
   애초에 호스팅 서버의 웹방화벽이 뚫린게 잘못이고, 호스팅회사가 그 웹방화벽회사와 협의해서 조치를 취해줘야 하는것 아닌가요?

3. 지인 회사에서 자체적으로 취할 수 있는 조치는 무엇이 있을까요?
 IP해외트래픽, 대역폭 차단, 루트 패스워드 변경, 호스팅서버를 단독서버로 바꾸고 별도의 전용 웹방화벽 서비스 적용, 호스팅 서비스 변경, 클라우드로 이관....
 가장 시급한 것은 전문 보안회사에 의뢰하여 전체적으로 점검받고 조치를 취하는 것이겠죠?

지인 회사라 뭔가 도움을 주고 싶은데 저도 아는게 많이 없어서 답답하네요. 사이트 규모 치고 너무 안일하게 대응해 온 것 같기도 하지만 뭐 별 수 있나요. 다 이렇죠 뭐....

답변 부탁 드립니다.